Для одного из проектов понадобилось собрать все дополнительные dll(сборки) в один .exe файл.

Стандартным средством для этого является утилита ILMerge из поставки Visual Studio. Но она имеет консольный интерфейс и не очень удобна к использованию. К счастью для этой утилиты существует графический интерфейс, скачать его можно на CodePlex по адресу http://ilmerger.codeplex.com/.

Cуществует аналог этой утилиты, программа Gilma. Тоже OpenSource но требует установки. Скачать можно с http://sourceforge.net/projects/gilma/

Методом проб и ошибок выяснилось что обе эти утилиты не справляются со сборками размером более 1 Мб. На помощь пришла очень мощная утилита NBox, которая на основе конфигурационного xml файла может упаковать в единый exe файл все что угодно, будь то dll, config файл или что-то ещё. В своем блоге автор программы написал очень подробный мануал по составлению конфигурационного файла, смотрим тут. Скачать её можно по адресу http://nbox.codeplex.com/